นอกจากหอไตรเครื่องไม้และหอไตรเครื่องก่อซึ่งมีพัฒนาการมาอย่างต่อเนื่องจนมีรูปแบบที่เป็นแบบแผนแล้ว ยังปรากฏหอไตรซึ่งมีรูปแบบพิเศษหรือมีที่มาที่พิเศษต่างไปจากแบบแผนโดยทั่วไป หอไตรซึ่งมีลักษณะพิเศษนั้นอาจเริ่มมาจากตำหนักจันทร์ หรือหอพระไตรปิฎกวัดระฆังโฆสิตาราม กรุงเทพมหานคร ซึ่งมีที่มาเฉพาะที่ต่างไปจากแนวคิดของการสร้างหอไตรแห่งอื่นๆ กล่าวคือไม่ได้สร้างขึ้นสำหรับประดิษฐานพระไตรปิฎกโดยเฉพาะมาแต่ต้น แต่เป็นที่ประทับหรือที่อยู่เดิมของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชเมื่อครั้งเป็นพระราชวรินทร์ เจ้ากรมพระตำรวจนอกขวาสมัยที่ทรงรับราชการในกรุงธนบุรี ต่อมาเมื่อทรงสถาปนากรุงรัตนโกสินทร์ขึ้นแล้ว มีพระราชประสงค์จะถวายจวนเดิมแก่วัดบางหว้าใหญ่หรือวัดระฆังโฆสิตารามเพื่อเป็นหอพระไตรปิฎก จึงโปรดเกล้าฯ ให้พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย เมื่อครั้งยังดำรงพระอิสริยยศเป็นสมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้ากรมหลวงอิศรสุนทร ทรงเป็นแม่กองรื้อถอนจวนเดิมนำมาสร้างใหม่ให้เป็นหอพระไตรปิฎกกลางสระน้ำ รูปแบบทางสถาปัตยกรรมจึงมีความแตกต่างไปจากหอไตรตามแบบแผนทั่วไปเนื่องจากมีการใช้งานเป็นเรือนพักอาศัยมาก่อน โดยสันนิษฐานว่าน่าจะเป็นเรือนไทย 2 หลัง มีชานกลางเชื่อมต่อกัน เมื่อเปลี่ยนเป็นหอพระไตรปิฎก จึงได้เพิ่มหลังคาขึ้นบริเวณส่วนที่เป็นชานกลางโดยยกหลังคาให้มีชายคาสูงขึ้นกว่าเรือนเดิมทั้ง 2 หลัง เพิ่มฝาด้านหลังและด้านหน้า เฉพาะด้านหน้าเจาะประตูทำเป็นเรือนกลาง และเพิ่มชานด้านหน้า ฝาเรือนทำเป็นฝาปะกน หลังคามุงกระเบื้อง

สมเด็จเจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ตรัสถึงหอพระไตรปิฎกวัดระฆังโฆสิตารามไว้ว่า

“จับได้แน่ว่าทำในรัชกาลที่ 1 ท่วงทีประหลาดกว่าหอไตรที่ไหนหมด เป็นหอฝากระดานมุงกระเบื้อง สามหลังแฝดมีชานหน้า ปลูกอยู่กลางสระ ดูเหมือนหนึ่งว่าหลังซ้ายขวา จะเป็นที่ไว้คัมภีร์พระปริยัติธรรม หลังกลางจะเป็นที่บอกหนังสือหรือดูหนังสือ ฝีมือที่ทำหอนี้อย่างประณีตแบบกรุงเก่า”

และตรัสถึงสิ่งซึ่งควรชมอยู่หลายอย่าง เช่น ชายคามีกระเบื้องกระจังเทพประนมอย่างกรุงเก่า ประตูและซุ้มซึ่งจะเข้าในชาลาสลักลายอย่างเก่างามประหลาดตา ฝาในหอกลางเขียนเรื่องรามเกียรติ์ฝีมือพระอาจารย์นาค ผู้ที่เขียนมารประจญในพระวิหารวัดพระเชตุพนซึ่งท่วงทีขึงขัง ตู้สำหรับไว้พระไตรปิฎกตั้งอยู่ในหอทั้งซ้ายขวามีมากมาย ใหญ่จนออกประตูไม่ได้ก็มี เขียนลายรดน้ำหลายฝีมือด้วยกันแต่ล้วนดีๆ มีฝีมือคนที่ผูกลายบานมุกในวัดพระศรีรัตนศาสดารามก็หลายใบ และยังตรัสว่า

“ผู้ใดที่รักการช่างได้ไปชมที่นั้นแล้วจะไม่อยากกลับบ้าน ”

(สมเด็จเจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์, สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมพระยาดำรงราชานุภาพ, พระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ 2, (พระนคร : ห.ส.น.บุญส่งการพิมพ์, 2511), 210-211)