หอไตรวัดปากน้ำ ภาษีเจริญ เป็นสถาปัตยกรรมสำคัญซึ่งแสดงถึงหลักฐานของหอไตรสมัยอยุธยาที่ยังคงหลงเหลืออยู่ในกรุงเทพมหานคร แม้ว่าจะมีประวัติการบูรณะหลายครั้งแต่จากข้อมูลทำให้ทราบว่าการบูรณะทุกครั้งยังคงรักษารูปทรงและรูปแบบโดยรวมตามเดิมเอาไว้ โดยมีประเด็นที่มีความเชื่อมโยงกับงานช่างสมัยอยุธยาตอนปลายดังต่อไปนี้
ประการที่ 1 การประดับด้วยกระจังปฏิญาณขนาดใหญ่เหนือหน้ากระดาน และการประดับกระจังรวนใต้ฐานโดยรอบ ลักษณะเช่นนี้มักเป็นแบบแผนที่ปรากฏกับบุษบกธรรมาสน์สมัยปลายกรุงศรีอยุธยา เทียบเคียงได้กับกระจังประดับฐานบุษบกธรรมาสน์วัดมณีชลขัณฑ์ จังหวัดลพบุรี ซึ่งมีจารึกที่กระดานอาสนะระบุถึงปีที่สร้างใน พ.ศ. 2225 ตรงกับรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์ และยังปรากฏลักษณะที่คล้ายกันที่ศาลาการเปรียญ วัดใหญ่สุวรรณาราม จังหวัดเพชรบุรี ซึ่งสันนิษฐานว่าเป็นงานสมัยอยุธยาตอนปลาย

ประการที่ 2 รูปแบบของซุ้มหน้าต่างทรงบรรพแถลงประกอบด้วยฐานซุ้มแบบฐานสิงห์ เหนือบัวหลังสิงห์และหน้ากระดานบนประดับด้วยแถวลายกระจัง กึ่งกลางเสามีประจำยามอก เหนือบัวรัดเกล้า ตั้งประดับด้วยแถวกระจัง ตอนล่างประดับกระจังรวน หางหงส์โค้งปัดปลายยอดเข้าหาซุ้ม ลายหน้าบันประกอบด้วยลายพุ่มที่ตำแหน่งกึ่งกลางประกอบด้วยกระหนกก้านขดด้านข้าง ลักษณะดังกล่าวสอดคล้องกับรูปแบบของซุ้มหน้าต่างทรงบรรพแถลงในศิลปะอยุธยาตอนปลาย เช่น ซุ้มหน้าต่างตึกพระเจ้าเหา พระราชวังนารายณ์ราชนิเวศน์ จังหวัดลพบุรี ในรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์มหาราช

ประการที่ 3 หลังคามุขประเจิด คือมีหลังคาลดหรือมุขขนาดเล็กที่ยื่นจากกึ่งกลางของหน้าบันโดยมีขื่ออยู่ในระดับเดียวกับหลังคาประธานและมีเสาที่ตั้งจากหลังคากันสาดขึ้นไปรับหลังคานั้น หลังคามุขประเจิดเป็นรูปแบบที่มีมาอย่างน้อยในศิลปะอยุธยาตอนปลาย ดังหลักฐานจากประติมากรรมปูนปั้นประดับผนังภายนอกของเมรุบางองค์ที่วัดไชยวัฒนาราม ซึ่งสร้างขึ้นในรัชกาลสมเด็จพระเจ้าปราสาททองและยังปรากฏจากงานจิตรกรรมฝาผนัง วัดปราสาท จังหวัดนนทบุรี ซึ่งสันนิษฐานว่ามีอายุในราวปลายรัชกาลสมเด็จพระเจ้าปราสาททองหรือ
ต้นรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์ รูปแบบดังกล่าวยังปรากฏที่ศาลาการเปรียญ วัดใหญ่สุวรรณาราม จังหวัดเพชรบุรี ซึ่งสันนิษฐานว่าสร้างขึ้นในสมัยอยุธยา

กระจังปฏิญานและกระจังรวน ประดับฐานหอไตร วัดปากน้ำภาษีเจริญ

ซุ้มหน้าต่างหอไตร วัดปากน้ำภาษีเจริญ