ระบบแผนผังเขตพุทธาวาสของวัดสุวรรณารามในปัจจุบัน มีการวางพระอุโบสถและพระวิหารตั้งอยู่คู่ขนานกัน คงเป็นงานบูรณปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่ในสมัยรัชกาลที่ 1 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ดังที่กล่าวกันว่าพระองค์โปรดเกล้าฯ ให้รื้อและสร้างขึ้นใหม่ทั้งพระอารามและพระราชทานนามว่า วัดสุวรรณาราม

หากแต่ด้วยขนาดของอาคารทั้งสองกลับไม่เท่ากัน จึงเกิดประเด็นสงสัยและได้ตั้งข้อสังเกตว่า เป็นไปได้หรือไม่ที่ “พระวิหาร” คือ “พระอุโบสถหลังเดิม” และ “พระอุโบสถ” ก่อนนั้นคือที่ตั้งของ “พระวิหารหลังเดิม” เนื่องจากวัดในสมัยรัตนโกสินทร์ โดยเฉพาะในเขตพื้นที่กรุงเทพมหานครและพื้นที่ใกล้เคียง ที่สร้างพระอุโบสถและพระวิหารตั้งอยู่คู่ขนานกัน ไม่ว่าจะตั้งอยู่สลับกันอย่างไรก็ตาม พบว่าการจัดวางตำแหน่งของพระอุโบสถมักจะสร้างให้ใกล้กับกุฏิหรือเขตสังฆาวาส เพราะโดยทั่วไปแล้ว การออกแบบแผนผังวัดจะต้องออกแบบให้เหมาะสมกับการใช้งานด้วย หากพระอุโบสถตั้งไกล การใช้งานก็จะไม่สะดวก อีกทั้ง หากรัชกาลที่ 1 ทรงมีพระราชประสงค์ให้นำพระพุทธรูปที่อัญเชิญจากหัวเมืองเหนือมาเป็นพระพุทธรูปประธานองค์ใหม่ของวัด แต่ขนาดองค์พระที่ใหญ่กว่าอาคารหลังเดิมจึงทรงโปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระอุโบสถขึ้นใหม่แทนในตำแหน่งของพระวิหารเดิม

ด้วยเหตุผลข้างต้น จึงได้สันนิษฐานว่า พระอุโบสถหลังเดิมที่สร้างมาแล้วตั้งแต่สมัยอยุธยา อาจถูกปรับเปลี่ยนหน้าที่เป็นพระวิหาร ทำให้อาคารทั้งสองหลังนี้ในปัจจุบันมีขนาดไม่เท่ากัน